مزارع مادر و جوجه‌کشی هر دو باید از سایر مرغداری‌ها و دامداری‌ها دور باشند تا از ورود اجرام بیماری‌زا جلوگیری شود.
برخی از برنامه‌های بهسازی در تشکیلات جوجه‌کشی تاکید بسیاری روی مواد ضدعفونی می‌نماید. چنانچه کار بهسازی در سایر مقاطع جابجاکردن تخم‌مرغ ضعیف باشد باید به مصرف مواد ضدعفونی بیشتر توجه نمود.