انتخاب با کمک نشانگر بهعنوان ابزاری برای انتخاب موثر در جوامع دامی و گیاهی کاربرد دارد. این روش، از نشانگرهای مولکولی جهت دنبال کردن الگوی توارثی QTLها در طول شجره استفاده مینماید.