تعیین جنسیت اغلب پرندگان ازجمله قناری، تا زمان بلوغ و حتی گاهی بعد از بلوغ امری نسبتاً مشکل است. امروزه با پیشرفت روش‌های مولکولی، تعیین جنسیت جانداران در هر مرحله از زندگی میسر می‌باشد.
در گونه‌های بسیاری از پرندگان جنس نر و ماده از نظر مورفولوژی قابل تفریق نمی‌باشند. امروزه روش‌های جدیدترو دقیق‌تری از جمله تکنیک‌های مولکولی و تعیین جنسیت جوجه‌ها پیش از تفریخ بصورت اتوماتیک بکار برده می‌شود.