میکروارگانیسم‌های مختلفی باعث آلودگی و عفونت کیسه زرده می‌شوند. باکتری E.coli سردسته اجرام میکروبی در عفونت زرده است که هم می‌تواند ازطریق عفونت اویدوکت و هم از طریق آلوده شدن پوسته تخم‌مرغ باشد.
سلامت جوجه‌ها در زمان تفریخ می‌تواند بر روی کیفیت جوجه‌های گوشتی، مراحل رشد و ویژگی‌های گوشت آنها تأثیر بگذارد.