هدف سیستم تهویه اطاق‌های جوجه‌کشی امکان ارائه سازگارترین محیط‌ها جهت دستگاه‌های انکوباتور به‌منظور عملکرد آنها است و در این صورت رشد جنینی بهینه محقق است.
تهویه در مرغداری بسیار حائز اهمیت است، چرا که دستگاه تنفس طیور دارای انشعابات فراوانی است که به کیسه‌های هوایی ختم می‌گردد و به همین علت راندمان تنفسی طیور تقریا ً 2برابر حیوانات دیگر می‌باشد.