سازمان نظام دامپزشکی طبق قانون باید نهادی مستقل و برآمده از آرای صنفی باشد؛ اما شواهد نشان می‌دهد روند انتخاب اعضای شورای مرکزی و رئیس این سازمان، بیش از آنکه ماهیتی انتخاباتی داشته باشد، شباهتی به انتصابات زیر نظر وزارت جهاد کشاورزی دارد. این وضعیت باعث شده نمایندگان استانی منتخب، نقش عملیاتی‌شان در تصمیم‌گیری‌ها کاهش یابد و شفافیت در کل فرآیند انتخابی به چالش کشیده شود.
بر اساس ماده ۵ قانون تأسیس سازمان نظام دامپزشکی، شورای مرکزی این سازمان متشکل است از ۱۷ عضو؛ که ۹ نفر از این میان، از طریق انتخابات در استان‌ها انتخاب می‌شوند و ۸ نفر دیگر، انتصابی هستند. اعضای انتصابی شامل موارد زیر‌اند: دو نفر با پیشنهاد وزارت جهاد کشاورزی، یک نفر از دامپزشکان شاغل در وزارت بهداشت، یک نفر از مؤسسه واکسن و سرم‌سازی رازی، یک نفر از نیروهای دامپزشکی وزارت دفاع، یک نفر از سازمان حفاظت محیط زیست، یک نفر از هیئت علمی وزارت علوم، و یک نفر دیگر از میان دامپزشکان وزارت جهاد کشاورزی.
یکی از نکات مورد بحث این است که چرا با وجود آنکه بخش عمده درآمد سازمان از طریق حق عضویت اعضای صنف تأمین می‌شود، روند تصمیم‌گیری به گونه‌ایست که نفوذ انتصابی‌ها بیشتر از نمایندگان انتخابی است. همچنین سؤالی مطرح شده که چرا انتخابات شورای مرکزی مستقیماً از بین منتخبین شوراهای استانی برگزار نمی‌شود.
طبق ماده ۷ همان قانون، رئیس سازمان از میان سه نفر عضو شورای مرکزی که بیشترین آرا را دارند انتخاب می‌شود، اما معرفی نهایی او به رئیس‌جمهور بر عهده وزیر جهاد کشاورزی است. در دوره اخیر، سه نفر پیشنهادی برای ریاست عبارت بوده‌اند از دکتر سعید چرخکار، دکتر حامد زارعی و دکتر عباسعلی مطلبی مغانجوقی. در این میان، مطلبی مغانجوقی و سعید چرخکار از اعضای انتصابی وزارت جهاد کشاورزی بوده‌اند و حامد زارعی، هرچند در این دوره به‌صورت انتخابی وارد شده، در دوره قبل نماینده انتصابی وزارت بوده است.
نقد اصلی اعضای صنف دامپزشکی این است که این وضعیت عملاً موجب کم‌رنگ شدن نقش استان‌ها و نمایندگان منتخب در سازمان شده است؛ و این که چگونه ریاست سازمان، که باید نمادی از رای آزاد اعضا باشد، به گزینه‌ای که توسط نهاد دولتی معرفی می‌شود، تبدیل شده است.